곰소만에 넓게 형성되어 있는 갯벌로 세계 최고수준의 저서규조류 생물종을 보인다. 또한 황해 고유종인 범게의 최대 서식지로 유명하다.
고창갯벌은 약 194종의 저서규조류 서식하고 있으며, 이는 바지락과 동죽이 서식하는 중요한 기반이 된다. 또한 고창갯벌은 100여 종, 20만 마리의 물새를 부양하고 있는데, 이중 IUCN 적색목록 21종을 포함하고 있으며, 멸종위기종(EN등급)인 황새의 국내 최대 월동지로 알려져 있다. 한편 전 세계 1종 1속만 존재하는 황해 고유종인 범게의 국내 최대 서식지이기도 하다.
고창갯벌에는 펄갯벌 위에 독립적으로 형성되는 사질 퇴적체인 쉐니어(Chener)가 관찰된다. 쉐니어는 자갈, 조립질 모래와 조개껍질로 구성되어 있으며, 기후의 영향을 받아 육지방향으로 이동하는 경향을 보인다. 쉐니어는 펄갯벌에 둘러싸여 있으며, 바닷물에 잘 잠기지 않아 철새들의 둥지와 휴식처의 역할을 수행한다.
