칼뱅은
마르틴 루터와 함께
프로테스탄트 신학을 일으킨 중요한 인물로서 그의 신학은 기본적으로 마르틴 루터의 신학에 바탕을 두면서도 그보다 더욱 적극적인 태도를 취하였다.
그는 성서를 신앙의 유일한 기준으로 삼았으며 신의 절대적 주권을 강조하고 신으로부터 구원을 받을 사람은, 이미 예전에 신에 의해 결정되어 있다는 예정설을 주장하였다. 또한, 로마 가톨릭 교회 미사 의식의 중심인 성찬식의 의미를 부정하였는데, 빵과 포도주가 곧 그리스도의 살이요, 피라는 교리는 옳지 않으며, 오직 성령의 힘만이 사람들의 영혼에 영향을 미친다는 교리를 전파하였다. 이에 따라 로마 가톨릭 교회의 미사 의식을 없앴으며, 설교가 중심이 되는 예배를 진행하였다.
교회 제도도 대폭 바꾸어 교회를 위해 봉사하는 네 가지 직책을 정하였다. 이를 정한 법령집은 교회의 지도자를 박사· 목사· 장로·집사의 네 가지 직책으로 나누고 박사에게는 가르치는 일을, 목사에게는 설교하는 일을, 장로에게는 훈련시키는 일을, 집사에게는 자선을 담당하도록 하고 있다.
칼뱅의 신학은 특히 유럽과 북아메리카 지역에 프로테스탄트를 널리 퍼뜨리는 데 큰 역할을 하였는데, 이는 칼뱅이 적극적으로 전개한 사회 생활과 지원 활동에서 비롯된 성과였다. 또한, 칼뱅은 국가로부터 교회를 독립시키는 일에도 노력 을 기울였다.
칼뱅의 신학이 크게 유행한 이후 세계 각지에는 그의 뜻을 따르는 프로테스탄트 분파가 속속 생겨났다. 그 중 대표적인 교파로는 프랑스의
위그노파, 스코틀랜드의
장로파, 잉글랜드의
퓨리턴 제파 등이 있다.
