충청남도 공주시 계룡산의 서쪽에 위치한 사찰이다. 백제 의자왕 11년(651년)에 창건되었으며 현재의 대웅전은 1876년 중수되었다.

신원사는 백제시대에 창건된 사찰로, 경내에서 백제연화문와당이 출토되었다. 신원사의 중악단은 삼국시대부터 산신사상이 전해내려오는 곳으로 신라 문무왕이 5악제를 올린 이후 제사가 계속 이어져오고 있다.

고종이 대한제국으로 국호를 바꾸고 신원사의 이름을 새 나라의 시작을 의미하도록 神院寺에서 新元寺로 고쳤다.

신원사의 중악단은 조선왕조가 계룡산신에게 봄 가을 두 차례에 걸쳐 제사를 제사를 드리던 곳이다. 조선시대의 건축물로 1999년 3월 2일 대한민국의 보물 제1293호로 지정되었다. 상악단은 묘향산에, 하악단은 지리산에 있었다.