조선 선조 때의 옥사로 1589년 10월의 정여립이 모반을 꾸민다는 고변으로부터 시작되어 정여립과 함께 3년여간 그와 연루된 많은 동인이 희생된 사건이다. 정여립의 옥사로도 부른다.

정여립은 호남 지역에 대동계(大同契)를 조직하여 무술 연마를 하며, 1587년에는 왜구를 소탕하기도 하였다. 그런데 대동계의 조직은 더욱 확대되어 황해도까지 진출했다. 하지만 이들의 동정이 주목을 받게 되고, 마침내 역모를 꾸미고 있다는 당시 황해도 관찰사의 고변이 임금에게 전해지자 조정은 파란을 일으켰다.

고변의 내용은 정여립의 대동계 인물들이 한강의 결빙기를 이용해 황해도와 전라도에서 동시에 봉기하여 입경하고 대장 신립과 병조판서를 살해하고 병권을 장악하기로 하였다는 것이다. 이 때문에 정여립은 아들과 함께 죽도로 피신하였다가 관군의 포위망이 좁혀지자 자살하고 말았다.

이 사건으로 동인들이 서인들, 특히 정철과 배후의 성혼에 원한을 가지게 되는 계기가 되었다고도 한다.

서인 세력은 동인 세력을 제거하고 정권을 장악하는 기회로 삼기 위해 정여립의 모반 사건을 확대하였고, 그 뒤 2년 넘게 서인인 정철(鄭澈)의 주도 아래 수많은 동인의 인물들이 탄압을 받았다.

이발(李潑)ㆍ이길(李洁)ㆍ이급(李汲) 형제와 백유양(白惟讓)ㆍ백진민(白振民) 부자를 비롯해 조대중(曺大中)ㆍ유몽정(柳夢井)ㆍ최여경(崔餘慶)ㆍ이황종(李黃鍾)ㆍ윤기신(尹起莘)ㆍ이진길(李震吉) 등이 정여립과 가까이 지냈다는 이유로 일당으로 몰려 심문을 받다가 죽임을 당했으며, 영의정 노수신(盧守愼)과 우의정 정언신(鄭彦信), 직제학(直提學) 홍종록(洪宗祿) 등 동인의 핵심 인물들이 파직되었다.

특히 조식(曺植)의 문인들이 큰 피해를 입었는데, 조식의 제자인 최영경(崔永慶)은 역모의 또 다른 괴수로 인식된 길삼봉(吉三峯)으로 몰려 옥사(獄死)를 당하였다.

정여립의 사건과 관련된 국문(鞠問)은 3년 가까이 계속되어 이 기간 동안 동인 1,000여 명이 화를 입었으며, 정권을 장악하고 있던 동인은 몰락하고 서인이 정국을 주도하게 되었다. 그리고 호남 출신의 관직 등용에 제한이 가해지기도 했다.

1591년 서인들은 이산해(李山海)와 류성룡(柳成龍)도 정여립 사건과 연루된 것으로 몰아가려 했으나, 서인들의 지나친 세력 확대에 반발한 선조가 정철을 파직함으로써 기축년에 시작된 옥사(獄事)가 마무리되었다.